掃描電鏡是一種多功能的儀器、具有很多優越的性能、是用途很廣泛的一種儀器，它可以應用于很多領域中。下面介紹下掃描電鏡在下面3個領域中的應用。

①掃描電鏡在材料研究中的應用：掃描電鏡材料的組織形貌觀察、層表面形貌分析和深度檢測、區化學成分分析和微組織及超微尺寸材料的研究 。例如：掃描電鏡在新型陶瓷材料顯微分析中的應用。在陶瓷的制備過程中，進行顯微結構的分析，原始材料及其制品的顯微形貌、孔隙大小、晶界和團聚程度等將決定其更后的性能。掃描電鏡可以清楚地反映和記錄這些微觀特征 ，是觀察分析樣品微觀結構方便、易行的有效方法 ，樣品無需制備 ，只需直接放入樣品室內即可放大觀察；同時掃描電鏡可以實現試樣從低倍到高倍的定位分析 ，在樣品室中的試樣不僅可以沿三維空間移動 ，還能夠根據觀察需要進行空間轉動 ，以利于使用者對感興趣的部位進行連續、系統的觀察分析。

②掃描電鏡在生物醫學領域應用：在生物醫學領域可以利用高性能的電子顯微鏡觀察細胞中各種正常的和病理的超微結構，諸如內質網、線粒體、高爾基體、溶酶體、細胞骨架系統等，對探明病因和治療疾病有很大幫助。可以研究細胞的通訊與運輸、分裂與分化、增殖與調控等生命活動的規律， 電子顯微鏡也可結合各種制樣技術觀察病毒、細菌、支原體、生物大分子等的超微結構，是現代生物醫學研究不可替代的工具。例如：wilson病是一種先天的代謝性疾病， 線粒體在早期的病理變化對病理診斷是非常有價值的。在軟組織系統疾病診斷中，Kyriacou等認為電鏡對3種主要類型肌病的診斷很有用：空泡性肌病；代謝性肌病；先天性肌病。這些疾病中大約15%～20%的肌肉活檢需要進一步應用電鏡檢查資料作為更終診斷的前提。

③掃描電鏡與其他設備的組合以實現多種分析，目前掃描電鏡的更主要組合分析功能有：

X射線顯微分析系統：(即能譜儀， EDS)，主要用于元素的定性和定量分析 ，并可分析樣品微區的化學成分等信息。

電子背散射系統 (即結晶學分析系統)，主要用于晶體和礦物的研究。隨著現代技術的發展 ，其他一些掃描電鏡組合分析功能也相繼出現， 例如顯微熱臺和冷臺系統 ，主要用于觀察和分析材料在加熱和冷凍過程中微觀結構上的變化。

拉伸臺系統：主要用于觀察和分析材料在受力過程中所發生的微觀結構變化。掃描電鏡與其他設備組合而具有的新型分析功能為新材料、新工藝的探索和研究起到重要作用。