掃描電子顯微鏡的設計思想和工作原理，早在1935年便已被提出來了。1942年，英國先制成一臺實驗室用的掃描電鏡，但由于成像的分辨率很差，照相時間太長，所以實用價值不大。經過各國科學工作者的努力，尤其是隨著電子工業技術水平的不斷發展，到1956年開始生產商品掃描電鏡。近數十年來，掃描電子顯微鏡已廣泛地應用在生物學、醫學、冶金學等學科的領域中，促進了各有關學科的發展。

掃描電子顯微鏡的特點：

和光學顯微鏡及透射電鏡相比，掃描電子顯微鏡具有以下特點：

①掃描電子顯微鏡能夠直接觀察樣品表面的結構，樣品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm。

②樣品制備過程簡單，不用切成薄片。

③樣品可以在樣品室中作三度空間的平移和旋轉，因此，可以從各種角度對樣品進行觀察。

④掃描電子顯微鏡景深大，圖象富有立體感。掃描電鏡的景深較光學顯微鏡大幾百倍，比透射電鏡大幾十倍。

⑤圖像的放大范圍廣，分辨率也比較高。掃描電子顯微鏡可放大十幾倍到幾十萬倍，它基本上包括了從放大鏡、光學顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。掃描電子顯微鏡分辨率介于光學顯微鏡與透射電鏡之間，可達3nm。

⑥電子束對樣品的損傷與污染程度較小。

⑦在觀察形貌的同時，掃描電子顯微鏡還可利用從樣品發出的其他信號作微區成分分析。