樣品觀察面需要清潔、無污染物。樣品在制備、拿取和保存過程中都要保持干凈無塵，主要污染物為灰塵、手印、人體分泌物(口水和汗液)及微量油脂等。因此，在拿取與制備樣品時需要佩戴干凈無粉手套，使用的剪刀、鑷子等制樣工具亦要保持干凈。

解決方案：

對于需要分析的塊狀樣品，如金屬斷口上通常會黏附油污、碎屑或粉塵等，它們除了影響觀察結果之外，還容易引起掃描電鏡真空腔室和電子光路器件污染。

對于金相樣品，經過環氧樹脂鑲嵌、拋磨后，其表面會黏附有拋光膏顆粒、砂紙顆粒和環氧樹脂碎屑，放入SEM掃描電鏡觀察前，需要先用水沖洗干凈，再用乙醇等有機溶劑超聲清洗，烘干處理后即可。

制備粉末樣品時，其厚度均勻，表面平整，且量不要太多，但必須要牢固的粘貼在導電膠上。樣品放入掃描電鏡前需用較大氣流吹掃(推薦使用除塵氣罐或壓縮氣體)，以便將未粘牢的樣品顆粒吹掉。

測試的粉末樣品個數較多時，制備過程中注意防止樣品交叉污染。切記 不要在放置SEM掃描電鏡旁邊吹掃樣品，以免飛起的樣品顆粒污染掃描電鏡。